应用化学数据库是中科院长春应用化学研究所承担建设的综合科技信息数据库的重要组成部分，包含稀土萃取数据库，稀土物理化学性质数据库，碳-13 NMR数据库和化合物活性数据库。
上海有机所化学数据库，包含多个数据库，如化合物结构数据库、核磁谱图数据库、质谱谱图数据库、红外谱图数据库、物化性质数据库等，注册后可免费使用。
有机化合物数据库（OrganiccompoundsDatabase）是一个由哈佛大学弗吉尼亚研究所开发的免费数据库，可以搜索到的条目包括红外光谱、核磁共振谱、 质谱、紫外光谱等。
ChEMBL数据库是欧洲生物信息研究所（European Bioinformatics Institute，EBI）开发的一个免费在线数据库，可查询靶点或化合物的生物活性数据。
