上海有机所化学数据库，包含多个数据库，如化合物结构数据库、核磁谱图数据库、质谱谱图数据库、红外谱图数据库、物化性质数据库等，注册后可免费使用。
应用化学数据库是中科院长春应用化学研究所承担建设的综合科技信息数据库的重要组成部分，包含稀土萃取数据库，稀土物理化学性质数据库，碳-13 NMR数据库和化合物活性数据库。
比较毒物基因组学数据库（CTD）是用设在北卡罗来纳州立大学（NCSU）的国立环境卫生科学研究所（NIEHS）提供的资金开发的一个免费数据库，可查询跨物种化学基因/蛋白质相互作用和化学-疾病关系以及基因-疾病关系的精确数据。
